一、电子签证注册
船舶或者公司可登陆海事电子签证服务网（http://180.169.34.36）进行在线注册。注册需提交船名、识别号、船舶移动业务识别码 (MMS1码，若无时录入9个9)、联系人姓名和手机号码、船舶营运证（若无时录入8各9，有效期为注册日往后一年）等相关信息。手机号码（现只支持中国移动手机）为接收业务办理信息提示及验证的唯一途径，需保持该手机号码的畅通，更换手机号码应登录海事电子签证服务网进行变更。
二、签证信息核验
船籍港分支海事机构船舶签证业务人员在3工作日内对船籍港船舶注册信息进行核验。核验注册信息时，对于无动力船舶，取消对配员证书的核验;对于非营运船舶，取消对船舶营运证信息的核验;对200总吨以下海船，取消对海上移动业务识别码 (MMS1 )的核验。核验无误的，授予电子签证账号和身份认证方式。
三、电子签证申报
已完成注册的船舶，办理航次签证时可通过海事电子签证服务网或者手机应用程序(手机短信签证程序下载网站http://m.msa.gov.cn) 进行申报 。按规定填写并提交船舶动态、货物装载、在船人员、规费缴纳等相关信息。
(一)船舶进港签证
申请人应当在船舶计划靠泊或者抵达作业点4小时前申请办理进港电子签证，但提前时间不应超过24小时。申请人在获准上一港出港签证后，方能申请办理拟抵达港口的进港电子签证。航程时间不足4小时的，应当在离泊或驶离作业点后立即申请拟抵达港口的进港电子签证。
(二)船舶出港签证
船舶抵港后，申请人应当在船舶离泊或者驶离作业点 4小时前申请办理出港电子签证，但提前时间不应超过24 小时。船舶在港时间不足4小时的，应当在办妥进港签证后立即申请出港电子签证。
四、电子签证审批
船舶申请进港或者出港的所辖地海（办）事处对船舶电子签证申请采取系统校验和人工校验相结合的方式进行审查，通过船舶动态管理系统的审批模块进行信息核验;通过船舶动态管理系统的 AIS 信息调取模块或者通过登陆海事内网，核查船舶实际位置信息(网址：http://189.10.1.11/暂不作要求)。电子签证审批应于接收到船舶电子签证申请4小时内将审批结果和验证方式反馈给已缴纳规费的申请人。
获批电子签证的船舶,无须再到海事机构办理船舶签证手续，但应当及时将船舶动态、货物装卸、在船人员等信息，以及审批结果和审批单号，准确记录在船舶签证簿中。
五、规费缴交
完成规费缴纳是电子签证审批的前提，各单位也可通过签订明确缴费主体、缴费方式等相关事项的协议等方式，采用期结、托收、代缴、银行转账等非现场缴费方式收缴规费;对于未签订协议或未按协议要求及时缴交规费的，仍按现场缴费方式收缴。
